1、发现服务器被入侵，应立即关闭所有网站服务，暂停至少3小时。
网站关闭几个小时，损失是比较大，但是对比一个可能被黑客修改的钓鱼网站对客户的损失大，还是关闭网站的损失大呢?站长可以先把网站暂时跳转到一个单页面，写上：网站维护中，预计3小时后开启访问，请各位稍后进行访问，联系方式：xxx，这样就可以解决这个问题了。
2、下载服务器日志(如果没被删除的话)，并且对服务器进行全盘杀毒扫描。
花费将近1-2小时的时间即可，必须确认黑客没在服务器上安装后门木马程序，同时分析系统日志，看黑客是通过哪个网站(一般被挂马的那个网站可能存在漏洞)，哪个漏洞入侵到服务器来的。找到并确认攻击源，并将黑客挂马的网址和被篡改的黑页面截图保存下来，还有黑客可能留下的个人IP或者代理IP地址。
3、为系统安装最新的补丁，还有所有运行着的服务器软件。
window系统打上最新的补丁，然后就是mysql或者sql数据库补丁，还有php以及IIS、serv-u，还有些IDC们使用的虚拟主机管理软件。
4、为网站目录重新配置权限，关闭删除可疑的系统账户。
关闭删除所有可疑的系统帐号，尤其是那些具有高权限的系统账户!重新为所有网站目录配置权限，关闭可执行的目录权限，对图片和非脚本目录做无权限处理。
5、重新设置各种管理密码，开启防火墙进行端口过滤。
完成以上步骤后，需要把管理员账户密码，以及数据库管理密码，特别是sql的sa密码和mysql的root密码，这些账户都是具有特殊权限的，黑客可以通过他们得到系统权限!
6、对网站挨个进行处理。
web服务器，一般都是通过网站漏洞入侵的，需要对网站程序进行检查(配合上面的日志分析)，对所有网站可以进行上传、写入shell的地方进行严格的检查和处理。然后对服务器日志进行远程备份服务，对所有网站的数据和程序进行备份操作，防止黑客恶意删除网站数据造成经济损失。在接下来的几天里要密切关注服务器和网站的运行情况，看是否还会出现黑客攻击的情况发生，然后根据日志发现并修补那些未知的漏洞。
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